מערכת WMS היא חלק חשוב בניהול מחסנים, והיא מרכז בקרת הציוד החכם לניהול מחסנים, מרכז השיגור ומרכז ניהול המשימות. המפעילים מנהלים בעיקר את כל המחסן במערכת WMS, בעיקר כולל: ניהול מידע חומר בסיסי, ניהול אחסון מיקום, ניהול מידע מלאי, פעולות כניסה ויציאה מהמחסן, דוחות יומן ופונקציות נוספות. שיתוף פעולה עם מערכת WCS יכול להשלים ביעילות הרכבת חומרים, פעולות נכנסות, יוצאות, מלאי ופעולות אחרות. בשילוב עם מערכת הפצת השבילים החכמה, ניתן להשתמש במחסן הכולל ביציבות וביעילות. בנוסף, מערכת WMS יכולה להשלים את החיבור החלק עם ERP, SAP, MES ומערכות נוספות בהתאם לצרכי האתר, מה שמקל מאוד על תפעול המשתמש בין מערכות שונות.