מערכת WCS אחראית על התזמון בין המערכת לציוד, ושולחת את הפקודות שמוציאה מערכת WMS לכל ציוד לתפעול מתואם. יש תקשורת רציפה בין הציוד למערכת WCS. כאשר הציוד משלים את המשימה, מערכת WCS מבצעת פרסום נתונים אוטומטית עם מערכת WMS.